เดิมเคยเป็นที่ตั้งของเรือนพลอยนพเก้าและเรือนพราน ซึ่งใช้เป็นที่รับรองแขกของเจ้าพระยารามราฆพ ต่อมาในสมัยจอมพล สฤษดิ์ ธนะรัชต์ เป็นนายกรัฐมนตรี ได้มีคําสั่งรื้อถอนเรือนทั้งสองออกเพื่อสร้างอาคารคอนกรีตสูง ๕ ชั้น เป็นสถาปัตยกรรมแบบสากลนิยม เข้ามุมตามแนวกําแพง รักษารูปแบบเดิมของเรือนพลอยนพเก้าที่เป็นเรือนไม้ สร้างโค้งตามมุมกําแพง และตั้งชื่ออาคารหลังใหม่ว่า ตึกบัญชาการ
ตึกบัญชาการในอดีตเคยเป็นที่ตั้งสํานักทําเนียบนายกรัฐมนตรี และสํานักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ ต่อมาเมื่อมีการก่อสร้างอาคารหลังใหม่ต่อขยาย เนื่องจากตึกเดิมมีความคับแคบ ไม่เพียงพอกับงานราชการที่เพิ่มมากขึ้น ครั้นสร้างเสร็จแล้วจึงย้ายห้องทํางานของนายกรัฐมนตรีไปอยู่ที่ตึกหลังใหม่ โดยมีการเปลี่ยนชื่ออาคารหลังเก่าเป็น ตึกบัญชาการ ๒ หรือตึกบัญชาการหลังเก่า ปัจจุบันใช้เป็นที่ตั้งห้องทํางานของรัฐมนตรีประจําสํานักนายกรัฐมนตรี สังกัดสํานักนายกรัฐมนตรี และห้องประชุมเล็ก
ตึกบัญชาการ ๑ ซึ่งเป็นอาคารสร้างใหม่ตั้งอยู่ใกล้กับกําแพงด้านทิศใต้ เดิมเคยเป็นที่ตั้งของตึกสารทูล (ตึกขวาง) ตึกพึ่งบุญ ตึกบุญญาศรัย และตึกเย็น ซึ่งเป็นบ้านพักของครอบครัวเจ้าพระยารามราฆพ โดยชั้น ๒ ของตึกสารทูลมีทางเชื่อมกับตึกพึ่งบุญซึ่งอยู่ทางฝั่งเหนือ รวมถึงตึกบุญญาศรัยและตึกเย็นที่อยู่ทางฝั่งตะวันออก นอกจากนี้ยังมีสะพานเชื่อมต่อไปยังตึกแสงอาทิตย์ เพื่อลงไปยังตึกพระขรรค์หรือตึกนารีสโมสรในปัจจุบัน
ในสมัยจอมพล ป. พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี เคยใช้กลุ่มตึกนี้เป็นที่ทําการของสํานักนายกรัฐมนตรี รวมทั้งเป็นบ้านพักประจําตําแหน่งของนายกรัฐมนตรีและครอบครัว ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น ตึก ๒๔ มิถุนายน เพื่อรําลึกถึงวันปฏิวัติสยามที่เปลี่ยนแปลงการปกครองจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ มาเป็นระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข
ตึกบัญชาการ ๑ ตั้งอยู่ระหว่างตึกบัญชาการ ๒ และตึกแสงอาทิตย์ ปัจจุบันใช้เป็นที่ทํางานของรองนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีประจําสํานักนายกรัฐมนตรี รองเลขาธิการนายกรัฐมนตรีฝ่ายการเมือง ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ข้าราชการการเมืองอื่น ๆ อีกทั้งยังเป็นห้องประชุมในวาระสําคัญต่าง ๆ และห้องรับรองบุคคลสําคัญด้วย
สถาปัตยกรรมที่สอดคล้องและกลมกลืน
ในปี พ.ศ.๒๕๕๗ ที่มีการปรับปรุงอาคารต่าง ๆ ภายในทําเนียบรัฐบาลให้เป็นงานสถาปัตยกรรมที่มีความสอดคล้องกัน ตึกบัญชาการ ๑ และ ๒ อยู่ในแผนงานปรับปรุงครั้งนั้นด้วย โดยทํา “เปลือกอาคาร” (Façade) ในรูปแบบสถาปัตยกรรมโกธิคตอนปลาย (Neo Venetian Gothic) เช่นเดียวกับตึกไทยคู่ฟ้าและตึกสันติไมตรี
เปลือกอาคารปิดครอบทั้งด้านหน้าและด้านหลังของตึกซ่อนพรางตัวอาคารเก่าทั้งหมด ให้เกิดความสอดคล้องและกลมกลืนกับอาคารอื่น ๆ นอกจากจะเป็นการตกแต่งแปลงโฉมอาคารให้ดูสวยงามแล้ว ประโยชน์ของเปลือกอาคารยังช่วยกรองแสง ลดอุณหภูมิความร้อนจากภายนอก และลดการใช้พลังงานให้น้อยลงด้วย
ในส่วนของการตกแต่งมีการดึงรายละเอียดบางส่วนจากตึกไทยคู่ฟ้ามาใช้ นั่นคือส่วนที่คล้ายคทามาเป็นลวดลายหลักของเปลือกอาคาร พร้อมทั้งนําตราทําเนียบรัฐบาลมาออกแบบเป็นยอดแหลมด้านบนสุดของตึก เหมือนกับตึกไทยคู่ฟ้า ทําให้ตึกบัญชาการเดิมที่สร้างขึ้นในอีกสมัยหนึ่งสามารถเปลี่ยนรูปลักษณ์เป็นตึกยุคเดียวกันได้อย่างน่าทึ่ง ทําให้อาคารภายในทําเนียบรัฐบาลมีความสง่างาม กลมกลืนกันมากยิ่งขึ้น